Desde la primera instalación de fangos activos a escala real en 1922 los primeros investigadores ya indicaron que los protistas eran potenciales indicadores de la eficiencia y rendimiento del proceso. A partir de los primeros estudios descriptivos de Curds y Cockburn (1970) y Poole (1984), otros han continuado centrando sus objetivos en estudiar la relación entre la comunidad de protistas y la calidad del efluente y/o el rendimiento de la planta (Madoni y Guetti, 1981; Luna-pabello et al., 1990; Al-Shahwani y Horan, 1991; Salvadó et al., 1995; Martín-Cereceda et al., 1996; Zhou et al., 2008).
Las especies de protistas presentes en fangos activos han sido bien inventariadas como bioindicadores importantes desde el siglo pasado (Curds y Cockburn, 1970; Madoni y Ghetti, 1981; Madoni et al., 1991, 1993; Nicolau et al., 2001). Gracias al potencial indicador de las condiciones de operación, algunos investigadores se han centrado en estudiar la relación entre protistas y parámetros operacionales (Esteban et al., 1990, 1991; Salvadó y Gracia, 1993; Salvadó, 1994; Martín-Cereceda et al., 1996; Lee et al., 2004, Hu et al., 2012, Dubber et al., 2011), y en el caso de algunos autores, en diferentes tipos de procesos biológicos (Liu et al., 2008).
Los microorganismos filamentosos son miembros junto con protozoos y metazoos de la microfauna de las estaciones depuradoras de aguas residuales por fangos activos (EDAR), desempeñando un papel esencial en la formación flocular (Madoni et al., 2000). El proceso de fangos activos depende en su última etapa de la capacidad de separación de la biomasa en el clarificador secundario, dejando un clarificado libre de turbidez y sólidos en suspensión. Muchos de los problemas de separación de los sólidos del fango activado se encuentran relacionados con desequilibrios en la estructura del flóculo Comúnmente, la proliferación excesiva de bacterias filamentosas genera problemas de explotación y causa serios problemas de separación en el clarificador. Estos problemas pueden ser clasificados en dos grandes grupos, que pueden aparecer de forma separada o conjunta: bulking y foaming.
El objetivo es realizar un control periódico externo de la calidad del proceso biológico a través de una entidad de referencia en el sector. El análisis de organismos bioindicadores permitirá detectar alteraciones en el proceso biológico, mientras que un control preventivo de microorganismos filamentosos detectará con suficiente antelación los problemas de bulking y/o foaming. Todo ello, permitirá una adecuada monitorización de la EDAR, optimizando costes de explotación y obteniendo una calidad óptima del efluente tratado.